Правилом хорошего тона (на рутрекере так точно) принято альбомы во флак заливать не по одной песне (track#1.flac и т.д.) а одним файлом album.flac а к нему файл куй (.cue) в котором расшифровка по композициям.
ХЗ очень и очень много качал в том числе с разбивкой по трекам. Многие аудио плееры (я не о софте) понимают флак потреково, но не понимают .куе
Как по мне в .куе смысл только в паузах между треками и все.